细菌耐药基因临床对比选择与参考标准确定审查要点

国家药品监督管理局医疗器械技术审评中心近日发布了《细菌耐药基因检测试剂临床对比试剂/方法的选择》的共性问题解答：

细菌耐药基因检测试剂是指通过检测目标细菌特定耐药基因对其耐药情况进行判定的检测试剂，对此类试剂进行临床研究时，应首先选择临床耐药表型的结果作为临床参考标准进行对比研究，将基因检测结果与临床耐药检测结果进行比较，从而获得基因检测试剂对耐药菌检测的灵敏度和特异度。试剂对临床样本相关基因的检测性能可通过与基因测序或同类已上市产品比较研究的方式进行确认。
对于被测耐药基因位点在临床应用中较公认且同类产品已上市多年的检测试剂，临床试验可以与同类已上市产品比较研究的方式为主，部分样本采用与耐药表型比对的方式进一步确认。如有适用的产品类指导原则，应参考相关要求。

该答复区分了耐药表型判定与耐药基因检测性能确认的证据功能，申报资料不能将基因一致性简单等同于临床耐药表型一致性。

细菌耐药基因临床对比选择的证据层级如何确定

细菌耐药基因检测试剂输出的是特定耐药基因或位点的检测结果，但临床关注的是目标细菌是否呈现相应耐药表型。耐药基因存在并不必然意味着相应耐药机制已经表达，未检出目标基因也不能排除其他耐药机制。因此，临床耐药表型承担临床参考标准的功能，基因测序或同类已上市产品主要用于确认目标序列的检测准确性，三类方法不能在申报资料中无条件互相替代。

这一问题通常出现在临床试验方案、临床评价资料、统计分析报告、阳性和阴性样本构成说明、检测结果不一致样本分析以及说明书性能指标等资料中。使用测序方法确认基因检测性能时，还应说明测序方法、测序区域、双向测序或其他质量控制措施、序列判读规则及不一致结果处理方式。相关方法学论证可与基因测序仪临床评价所关注的检测系统适用性相衔接，但不能仅凭测序结果代替临床耐药表型评价。

申报资料的常见缺陷包括仅与另一款基因检测试剂进行比较、未提供耐药表型数据，或者虽开展表型比较，却未说明药敏试验方法、折点标准、菌株鉴定方法及结果判定依据。此类缺陷可能导致临床参考标准适用性受到质疑，并可能被要求补充耐药表型试验依据、重新分析灵敏度和特异度，或者解释基因型与表型不一致的原因。

对于第三类体外诊断试剂，临床证据设计属于二三类器械上市资料要求中的实质性审查内容。企业应在试验开始前明确目标耐药基因与耐药表型之间的医学关系，按照菌种、基因型、耐药表型和样本来源设置分层，并预先规定不一致样本的复核路径，避免临床试验完成后再以补充解释替代预设方案。

以同类已上市产品为主要对比方法需要哪些支撑

采用同类已上市产品作为主要对比方法并非一般性选择，而是以目标耐药基因位点在临床应用中已获得较充分认可、同类产品已上市多年且检测范围具有可比性为前提。申报人需要说明对比产品的预期用途、目标菌种、耐药基因和位点覆盖范围、样本类型、检测技术及结果判定方式，并识别两个检测系统之间可能影响一致性的差异。

样本设计是该路径的主要痛点。临床研究不宜只纳入常见阳性基因型或高浓度样本，还应覆盖阴性样本、不同菌种、低丰度样本、罕见但具有临床意义的目标位点，以及基因型与耐药表型可能不一致的样本。分析性能资料中的定性检测试剂检出限浓度可以支持低水平样本的检测能力，但不能替代临床样本对目标菌种、基因型及耐药表型分布的代表性论证。

对于部分样本与耐药表型进一步比对，临床试验方案应预先说明样本选择比例、选择依据和统计处理方法。若只选择同类产品检测阳性的样本进行表型确认，可能产生选择偏倚，难以完整评价假阳性和假阴性结果。企业还应逐例分析基因检测、对比产品、测序结果和耐药表型之间的不一致，并结合耐药机制、基因表达及检测范围解释差异。

若研究过程中改变结果判定界值、灰区规则或复测规则，需要评估其是否构成临床试验阳性判断值调整，并说明调整依据、实施时间及其对既有样本数据的影响。未经预先规定而根据试验结果调整判定规则，可能被质疑存在数据驱动偏倚，进而被要求补充独立样本验证或重新开展统计分析。

合规准备时，建议建立“预期用途与耐药机制、临床参考标准、基因检测确认方法、样本分层、不一致结果复核、说明书性能声称”的证据链，并核对临床方案、报告、产品技术要求和说明书之间的一致性。对比路径或证据层级难以确定时，可由钦思咨询协助梳理适用指导原则、临床评价问题及申报资料之间的衔接关系。